Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.9■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
HOXC9P31274 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
HOXC9P31274 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
HOXC9P31274 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
HOXC9P31274 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
HOXC9P31274 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
HOXC9P31274 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
HOXC9P31274 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
HOXC9P31274 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
HOXC9P31274 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
HOXC9P31274 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
HOXC9P31274 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
HOXC9P31274 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.3 ms