Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 JAKMIP1-203ENST00000409371 2420 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HDAC4P56524 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms