Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 FSCN1P1-201ENST00000568912 1481 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.46
SCN4AP35499 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 ACAA1-209ENST00000450296 1570 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 CBR1-203ENST00000439427 1024 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SCN4AP35499 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms