Protein–RNA interactions for Protein: P02462

COL4A1, Collagen alpha-1(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A1P02462 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A1P02462 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A1P02462 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A1P02462 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A1P02462 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A1P02462 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A1P02462 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A1P02462 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A1P02462 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A1P02462 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A1P02462 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A1P02462 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A1P02462 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A1P02462 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A1P02462 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A1P02462 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A1P02462 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 PLPP2-201ENST00000269812 1228 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 RAP1B-203ENST00000378985 1017 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL4A1P02462 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 95.2 ms