Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC39Q9UFE4 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC39Q9UFE4 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms