Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
DDX28Q9NUL7 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 LTBP3-202ENST00000322147 4046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 CEP55-201ENST00000371485 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
DDX28Q9NUL7 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms