Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LIMD1Q9UGP4 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
LIMD1Q9UGP4 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88.3 ms