Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
KLHL28Q9NXS3 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC18.89■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC18.89■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
KLHL28Q9NXS3 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.6 ms