Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 AC009947.2-201ENST00000444014 672 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 FKBP2-202ENST00000394540 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
CHD9Q3L8U1 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHD9Q3L8U1 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHD9Q3L8U1 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHD9Q3L8U1 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHD9Q3L8U1 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHD9Q3L8U1 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
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