Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 LINC00421-201ENST00000413833 1054 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
BRCA1P38398 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC25■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
BRCA1P38398 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.7 ms