Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 SCRT1-201ENST00000569446 3779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
VPS54Q9P1Q0 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VPS54Q9P1Q0 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms