Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SMARCAL1Q9NZC9 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 KMT5B-204ENST00000402185 1881 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SMARCAL1Q9NZC9 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms