Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 DSCAM-201ENST00000400454 8552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SKA3Q8IX90 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
SKA3Q8IX90 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms