Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SF3A1Q15459 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SF3A1Q15459 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms