Protein–RNA interactions for Protein: O95983

MBD3, Methyl-CpG-binding domain protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 291 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MBD3O95983 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
MBD3O95983 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
MBD3O95983 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
MBD3O95983 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
MBD3O95983 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
MBD3O95983 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
MBD3O95983 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MBD3O95983 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MBD3O95983 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
MBD3O95983 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MBD3O95983 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
MBD3O95983 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MBD3O95983 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MBD3O95983 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MBD3O95983 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
MBD3O95983 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
MBD3O95983 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MBD3O95983 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MBD3O95983 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
MBD3O95983 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MBD3O95983 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MBD3O95983 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MBD3O95983 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MBD3O95983 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MBD3O95983 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MBD3O95983 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MBD3O95983 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MBD3O95983 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MBD3O95983 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MBD3O95983 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MBD3O95983 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MBD3O95983 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MBD3O95983 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MBD3O95983 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MBD3O95983 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MBD3O95983 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MBD3O95983 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MBD3O95983 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MBD3O95983 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MBD3O95983 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MBD3O95983 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MBD3O95983 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MBD3O95983 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
MBD3O95983 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MBD3O95983 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
MBD3O95983 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
MBD3O95983 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
MBD3O95983 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MBD3O95983 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
MBD3O95983 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MBD3O95983 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
MBD3O95983 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
MBD3O95983 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MBD3O95983 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MBD3O95983 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
MBD3O95983 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MBD3O95983 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
MBD3O95983 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MBD3O95983 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
MBD3O95983 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
MBD3O95983 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MBD3O95983 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
MBD3O95983 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
MBD3O95983 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MBD3O95983 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MBD3O95983 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MBD3O95983 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MBD3O95983 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MBD3O95983 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MBD3O95983 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
MBD3O95983 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MBD3O95983 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
MBD3O95983 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MBD3O95983 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MBD3O95983 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 AC005906.2-203ENST00000640962 2091 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MBD3O95983 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MBD3O95983 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
MBD3O95983 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MBD3O95983 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms