Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USP4Q13107 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
USP4Q13107 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP4Q13107 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP4Q13107 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP4Q13107 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP4Q13107 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP4Q13107 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP4Q13107 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP4Q13107 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP4Q13107 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
USP4Q13107 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
USP4Q13107 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
USP4Q13107 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP4Q13107 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP4Q13107 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP4Q13107 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP4Q13107 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USP4Q13107 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
USP4Q13107 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP4Q13107 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP4Q13107 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP4Q13107 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP4Q13107 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP4Q13107 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP4Q13107 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP4Q13107 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP4Q13107 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP4Q13107 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USP4Q13107 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
USP4Q13107 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
USP4Q13107 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
USP4Q13107 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1
USP4Q13107 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USP4Q13107 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
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