Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SMARCA1P28370 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SMARCA1P28370 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.6 ms