Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
HOXD4P09016 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
HOXD4P09016 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms