Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5E6

PCDHB3, Protocadherin beta-3, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHB3Q9Y5E6 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
PCDHB3Q9Y5E6 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
PCDHB3Q9Y5E6 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
PCDHB3Q9Y5E6 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
PCDHB3Q9Y5E6 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
PCDHB3Q9Y5E6 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
PCDHB3Q9Y5E6 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
PCDHB3Q9Y5E6 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
PCDHB3Q9Y5E6 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
PCDHB3Q9Y5E6 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
PCDHB3Q9Y5E6 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
PCDHB3Q9Y5E6 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
PCDHB3Q9Y5E6 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
PCDHB3Q9Y5E6 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
PCDHB3Q9Y5E6 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
PCDHB3Q9Y5E6 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
PCDHB3Q9Y5E6 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
PCDHB3Q9Y5E6 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.36■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
PCDHB3Q9Y5E6 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
PCDHB3Q9Y5E6 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
PCDHB3Q9Y5E6 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
PCDHB3Q9Y5E6 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCDHB3Q9Y5E6 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCDHB3Q9Y5E6 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCDHB3Q9Y5E6 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.5 ms