Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2B5

VPS9D1, VPS9 domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 631 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS9D1Q9Y2B5 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS9D1Q9Y2B5 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
VPS9D1Q9Y2B5 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
VPS9D1Q9Y2B5 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS9D1Q9Y2B5 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS9D1Q9Y2B5 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS9D1Q9Y2B5 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS9D1Q9Y2B5 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
VPS9D1Q9Y2B5 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS9D1Q9Y2B5 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
VPS9D1Q9Y2B5 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
VPS9D1Q9Y2B5 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS9D1Q9Y2B5 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS9D1Q9Y2B5 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
VPS9D1Q9Y2B5 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS9D1Q9Y2B5 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS9D1Q9Y2B5 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS9D1Q9Y2B5 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS9D1Q9Y2B5 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS9D1Q9Y2B5 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS9D1Q9Y2B5 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS9D1Q9Y2B5 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS9D1Q9Y2B5 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS9D1Q9Y2B5 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS9D1Q9Y2B5 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS9D1Q9Y2B5 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS9D1Q9Y2B5 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS9D1Q9Y2B5 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
VPS9D1Q9Y2B5 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
VPS9D1Q9Y2B5 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS9D1Q9Y2B5 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS9D1Q9Y2B5 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS9D1Q9Y2B5 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS9D1Q9Y2B5 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS9D1Q9Y2B5 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS9D1Q9Y2B5 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS9D1Q9Y2B5 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS9D1Q9Y2B5 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS9D1Q9Y2B5 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS9D1Q9Y2B5 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS9D1Q9Y2B5 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS9D1Q9Y2B5 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
VPS9D1Q9Y2B5 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS9D1Q9Y2B5 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS9D1Q9Y2B5 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS9D1Q9Y2B5 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
VPS9D1Q9Y2B5 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
VPS9D1Q9Y2B5 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS9D1Q9Y2B5 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS9D1Q9Y2B5 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
VPS9D1Q9Y2B5 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
VPS9D1Q9Y2B5 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS9D1Q9Y2B5 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS9D1Q9Y2B5 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
VPS9D1Q9Y2B5 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS9D1Q9Y2B5 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS9D1Q9Y2B5 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS9D1Q9Y2B5 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
VPS9D1Q9Y2B5 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS9D1Q9Y2B5 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS9D1Q9Y2B5 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS9D1Q9Y2B5 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS9D1Q9Y2B5 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
VPS9D1Q9Y2B5 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS9D1Q9Y2B5 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
VPS9D1Q9Y2B5 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS9D1Q9Y2B5 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS9D1Q9Y2B5 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS9D1Q9Y2B5 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS9D1Q9Y2B5 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
VPS9D1Q9Y2B5 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS9D1Q9Y2B5 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS9D1Q9Y2B5 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS9D1Q9Y2B5 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
VPS9D1Q9Y2B5 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 7.4 ms