Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS4AQ9UN37 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS4AQ9UN37 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS4AQ9UN37 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS4AQ9UN37 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS4AQ9UN37 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS4AQ9UN37 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS4AQ9UN37 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS4AQ9UN37 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
VPS4AQ9UN37 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS4AQ9UN37 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS4AQ9UN37 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS4AQ9UN37 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS4AQ9UN37 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS4AQ9UN37 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS4AQ9UN37 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS4AQ9UN37 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS4AQ9UN37 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
VPS4AQ9UN37 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS4AQ9UN37 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS4AQ9UN37 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS4AQ9UN37 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS4AQ9UN37 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS4AQ9UN37 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VPS4AQ9UN37 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS4AQ9UN37 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VPS4AQ9UN37 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
VPS4AQ9UN37 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
VPS4AQ9UN37 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS4AQ9UN37 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS4AQ9UN37 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VPS4AQ9UN37 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS4AQ9UN37 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS4AQ9UN37 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VPS4AQ9UN37 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS4AQ9UN37 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VPS4AQ9UN37 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS4AQ9UN37 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS4AQ9UN37 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VPS4AQ9UN37 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
VPS4AQ9UN37 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.6 ms