Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
CCL28Q9NRJ3 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CCL28Q9NRJ3 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
CCL28Q9NRJ3 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCL28Q9NRJ3 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCL28Q9NRJ3 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
CCL28Q9NRJ3 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCL28Q9NRJ3 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
CCL28Q9NRJ3 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCL28Q9NRJ3 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCL28Q9NRJ3 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCL28Q9NRJ3 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CCL28Q9NRJ3 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCL28Q9NRJ3 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCL28Q9NRJ3 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCL28Q9NRJ3 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCL28Q9NRJ3 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCL28Q9NRJ3 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCL28Q9NRJ3 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCL28Q9NRJ3 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCL28Q9NRJ3 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCL28Q9NRJ3 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCL28Q9NRJ3 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCL28Q9NRJ3 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCL28Q9NRJ3 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCL28Q9NRJ3 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCL28Q9NRJ3 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCL28Q9NRJ3 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CCL28Q9NRJ3 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCL28Q9NRJ3 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCL28Q9NRJ3 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCL28Q9NRJ3 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCL28Q9NRJ3 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CCL28Q9NRJ3 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCL28Q9NRJ3 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CCL28Q9NRJ3 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CCL28Q9NRJ3 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCL28Q9NRJ3 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CCL28Q9NRJ3 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCL28Q9NRJ3 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCL28Q9NRJ3 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CCL28Q9NRJ3 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCL28Q9NRJ3 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCL28Q9NRJ3 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCL28Q9NRJ3 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCL28Q9NRJ3 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCL28Q9NRJ3 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCL28Q9NRJ3 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCL28Q9NRJ3 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCL28Q9NRJ3 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCL28Q9NRJ3 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCL28Q9NRJ3 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCL28Q9NRJ3 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCL28Q9NRJ3 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCL28Q9NRJ3 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCL28Q9NRJ3 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCL28Q9NRJ3 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCL28Q9NRJ3 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCL28Q9NRJ3 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCL28Q9NRJ3 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCL28Q9NRJ3 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCL28Q9NRJ3 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.7 ms