Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4L4

SENP3, Sentrin-specific protease 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 574 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SENP3Q9H4L4 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC38.23■■■■□ 3.71
SENP3Q9H4L4 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.23■■■■□ 3.71
SENP3Q9H4L4 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC38.22■■■■□ 3.71
SENP3Q9H4L4 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.21■■■■□ 3.71
SENP3Q9H4L4 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC38.21■■■■□ 3.71
SENP3Q9H4L4 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.21■■■■□ 3.71
SENP3Q9H4L4 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC38.2■■■■□ 3.71
SENP3Q9H4L4 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC38.2■■■■□ 3.71
SENP3Q9H4L4 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.19■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 NIFKP4-201ENST00000567275 1192 ntBASIC38.19■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC38.18■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC38.18■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC38.17■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC38.17■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC38.17■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC38.17■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.16■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.16■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.16■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC38.15■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC38.15■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC38.15■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC38.15■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC38.15■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC38.15■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC38.15■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC38.15■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC38.15■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC38.15■■■■□ 3.7
SENP3Q9H4L4 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC38.13■■■■□ 3.69
SENP3Q9H4L4 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.12■■■■□ 3.69
SENP3Q9H4L4 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC38.12■■■■□ 3.69
SENP3Q9H4L4 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.11■■■■□ 3.69
SENP3Q9H4L4 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.1■■■■□ 3.69
SENP3Q9H4L4 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.09■■■■□ 3.69
SENP3Q9H4L4 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC38.09■■■■□ 3.69
SENP3Q9H4L4 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.08■■■■□ 3.69
SENP3Q9H4L4 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC38.08■■■■□ 3.69
SENP3Q9H4L4 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC38.08■■■■□ 3.69
SENP3Q9H4L4 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC38.07■■■■□ 3.68
SENP3Q9H4L4 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
SENP3Q9H4L4 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC38.06■■■■□ 3.68
SENP3Q9H4L4 Z99916.3-201ENST00000623422 1080 ntBASIC38.06■■■■□ 3.68
SENP3Q9H4L4 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC38.06■■■■□ 3.68
SENP3Q9H4L4 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.06■■■■□ 3.68
SENP3Q9H4L4 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC38.04■■■■□ 3.68
SENP3Q9H4L4 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.04■■■■□ 3.68
SENP3Q9H4L4 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC38.03■■■■□ 3.68
SENP3Q9H4L4 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC38.03■■■■□ 3.68
SENP3Q9H4L4 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC38.01■■■■□ 3.68
SENP3Q9H4L4 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC38.01■■■■□ 3.68
SENP3Q9H4L4 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC38■■■■□ 3.67
SENP3Q9H4L4 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.98■■■■□ 3.67
SENP3Q9H4L4 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC37.97■■■■□ 3.67
SENP3Q9H4L4 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
SENP3Q9H4L4 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
SENP3Q9H4L4 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
SENP3Q9H4L4 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.97■■■■□ 3.67
SENP3Q9H4L4 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
SENP3Q9H4L4 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
SENP3Q9H4L4 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.96■■■■□ 3.67
SENP3Q9H4L4 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
SENP3Q9H4L4 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC37.96■■■■□ 3.67
SENP3Q9H4L4 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC37.95■■■■□ 3.67
SENP3Q9H4L4 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.67
SENP3Q9H4L4 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC37.95■■■■□ 3.67
SENP3Q9H4L4 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.94■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC37.94■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.94■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC37.94■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.93■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC37.93■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.92■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC37.91■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.91■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.91■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC37.89■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC37.89■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC37.89■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC37.89■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC37.89■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC37.89■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC37.89■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC37.89■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.89■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.89■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.89■■■■□ 3.66
SENP3Q9H4L4 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.88■■■■□ 3.65
SENP3Q9H4L4 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC37.88■■■■□ 3.65
SENP3Q9H4L4 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.87■■■■□ 3.65
SENP3Q9H4L4 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.87■■■■□ 3.65
SENP3Q9H4L4 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
SENP3Q9H4L4 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC37.83■■■■□ 3.65
SENP3Q9H4L4 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC37.83■■■■□ 3.65
SENP3Q9H4L4 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC37.83■■■■□ 3.65
SENP3Q9H4L4 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.82■■■■□ 3.64
SENP3Q9H4L4 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC37.82■■■■□ 3.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms