Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
ZNF541Q9H0D2 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
ZNF541Q9H0D2 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.46■■■□□ 2.79
ZNF541Q9H0D2 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC32.45■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC32.44■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.44■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC32.4■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
ZNF541Q9H0D2 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
ZNF541Q9H0D2 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
ZNF541Q9H0D2 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.37■■■□□ 2.77
ZNF541Q9H0D2 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.37■■■□□ 2.77
ZNF541Q9H0D2 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
ZNF541Q9H0D2 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC32.36■■■□□ 2.77
ZNF541Q9H0D2 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC32.35■■■□□ 2.77
ZNF541Q9H0D2 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
ZNF541Q9H0D2 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.35■■■□□ 2.77
ZNF541Q9H0D2 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.34■■■□□ 2.77
ZNF541Q9H0D2 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.34■■■□□ 2.77
ZNF541Q9H0D2 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.77
ZNF541Q9H0D2 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
ZNF541Q9H0D2 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
ZNF541Q9H0D2 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.31■■■□□ 2.76
ZNF541Q9H0D2 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
ZNF541Q9H0D2 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC32.3■■■□□ 2.76
ZNF541Q9H0D2 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
ZNF541Q9H0D2 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.28■■■□□ 2.76
ZNF541Q9H0D2 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
ZNF541Q9H0D2 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
ZNF541Q9H0D2 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC32.28■■■□□ 2.76
ZNF541Q9H0D2 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC32.27■■■□□ 2.76
ZNF541Q9H0D2 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC32.27■■■□□ 2.76
ZNF541Q9H0D2 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.76
ZNF541Q9H0D2 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
ZNF541Q9H0D2 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC32.25■■■□□ 2.75
ZNF541Q9H0D2 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
ZNF541Q9H0D2 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
ZNF541Q9H0D2 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC32.24■■■□□ 2.75
ZNF541Q9H0D2 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC32.24■■■□□ 2.75
ZNF541Q9H0D2 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC32.23■■■□□ 2.75
ZNF541Q9H0D2 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC32.23■■■□□ 2.75
ZNF541Q9H0D2 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC32.22■■■□□ 2.75
ZNF541Q9H0D2 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC32.22■■■□□ 2.75
ZNF541Q9H0D2 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC32.21■■■□□ 2.75
ZNF541Q9H0D2 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC32.21■■■□□ 2.75
ZNF541Q9H0D2 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC32.2■■■□□ 2.75
ZNF541Q9H0D2 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC32.2■■■□□ 2.74
ZNF541Q9H0D2 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.2■■■□□ 2.74
ZNF541Q9H0D2 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.19■■■□□ 2.74
ZNF541Q9H0D2 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC32.19■■■□□ 2.74
ZNF541Q9H0D2 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
ZNF541Q9H0D2 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.17■■■□□ 2.74
ZNF541Q9H0D2 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
ZNF541Q9H0D2 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC32.14■■■□□ 2.74
ZNF541Q9H0D2 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC32.14■■■□□ 2.74
ZNF541Q9H0D2 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.73
ZNF541Q9H0D2 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC32.13■■■□□ 2.73
ZNF541Q9H0D2 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC32.12■■■□□ 2.73
ZNF541Q9H0D2 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
ZNF541Q9H0D2 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC32.11■■■□□ 2.73
ZNF541Q9H0D2 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
ZNF541Q9H0D2 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC32.1■■■□□ 2.73
ZNF541Q9H0D2 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
ZNF541Q9H0D2 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC32.1■■■□□ 2.73
ZNF541Q9H0D2 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC32.1■■■□□ 2.73
ZNF541Q9H0D2 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
ZNF541Q9H0D2 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
ZNF541Q9H0D2 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC32.08■■■□□ 2.73
ZNF541Q9H0D2 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
ZNF541Q9H0D2 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
ZNF541Q9H0D2 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC32.06■■■□□ 2.72
ZNF541Q9H0D2 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC32.04■■■□□ 2.72
ZNF541Q9H0D2 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.04■■■□□ 2.72
ZNF541Q9H0D2 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
ZNF541Q9H0D2 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.03■■■□□ 2.72
ZNF541Q9H0D2 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC32.03■■■□□ 2.72
ZNF541Q9H0D2 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC32.02■■■□□ 2.72
ZNF541Q9H0D2 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC32.02■■■□□ 2.72
ZNF541Q9H0D2 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.72
ZNF541Q9H0D2 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
ZNF541Q9H0D2 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
ZNF541Q9H0D2 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32■■■□□ 2.71
ZNF541Q9H0D2 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
ZNF541Q9H0D2 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.99■■■□□ 2.71
ZNF541Q9H0D2 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC31.98■■■□□ 2.71
ZNF541Q9H0D2 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC31.97■■■□□ 2.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms