Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRG1

VPS25, Vacuolar protein-sorting-associated protein 25, humanhuman

Predictions only

Length 176 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS25Q9BRG1 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS25Q9BRG1 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS25Q9BRG1 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
VPS25Q9BRG1 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS25Q9BRG1 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS25Q9BRG1 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
VPS25Q9BRG1 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS25Q9BRG1 AES-202ENST00000327141 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS25Q9BRG1 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
VPS25Q9BRG1 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS25Q9BRG1 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS25Q9BRG1 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS25Q9BRG1 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS25Q9BRG1 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS25Q9BRG1 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS25Q9BRG1 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS25Q9BRG1 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS25Q9BRG1 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS25Q9BRG1 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS25Q9BRG1 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS25Q9BRG1 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS25Q9BRG1 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS25Q9BRG1 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS25Q9BRG1 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS25Q9BRG1 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 PTF1A-201ENST00000376504 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
VPS25Q9BRG1 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 FAM149A-215ENST00000514153 2070 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS25Q9BRG1 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS25Q9BRG1 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS25Q9BRG1 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS25Q9BRG1 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS25Q9BRG1 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS25Q9BRG1 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS25Q9BRG1 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms