Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP53Q70EK8 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
USP53Q70EK8 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP53Q70EK8 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP53Q70EK8 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP53Q70EK8 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP53Q70EK8 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP53Q70EK8 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP53Q70EK8 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP53Q70EK8 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP53Q70EK8 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP53Q70EK8 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP53Q70EK8 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP53Q70EK8 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
USP53Q70EK8 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP53Q70EK8 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP53Q70EK8 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP53Q70EK8 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.68
USP53Q70EK8 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
USP53Q70EK8 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP53Q70EK8 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP53Q70EK8 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP53Q70EK8 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP53Q70EK8 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP53Q70EK8 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP53Q70EK8 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP53Q70EK8 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP53Q70EK8 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP53Q70EK8 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP53Q70EK8 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP53Q70EK8 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP53Q70EK8 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP53Q70EK8 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP53Q70EK8 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP53Q70EK8 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP53Q70EK8 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP53Q70EK8 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP53Q70EK8 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP53Q70EK8 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP53Q70EK8 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP53Q70EK8 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP53Q70EK8 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP53Q70EK8 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP53Q70EK8 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP53Q70EK8 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP53Q70EK8 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP53Q70EK8 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
USP53Q70EK8 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP53Q70EK8 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP53Q70EK8 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.5 ms