Protein–RNA interactions for Protein: Q4VC31

CCDC58, Coiled-coil domain-containing protein 58, humanhuman

Predictions only

Length 144 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC58Q4VC31 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC58Q4VC31 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC58Q4VC31 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC58Q4VC31 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC58Q4VC31 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC58Q4VC31 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC58Q4VC31 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC58Q4VC31 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC58Q4VC31 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC58Q4VC31 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC58Q4VC31 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC58Q4VC31 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC58Q4VC31 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC58Q4VC31 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC58Q4VC31 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC58Q4VC31 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC58Q4VC31 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC58Q4VC31 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC58Q4VC31 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC58Q4VC31 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC58Q4VC31 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC58Q4VC31 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC58Q4VC31 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC58Q4VC31 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC58Q4VC31 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC58Q4VC31 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC58Q4VC31 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC58Q4VC31 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC58Q4VC31 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC58Q4VC31 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC58Q4VC31 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC58Q4VC31 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC58Q4VC31 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC58Q4VC31 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC58Q4VC31 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC58Q4VC31 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC58Q4VC31 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC58Q4VC31 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC58Q4VC31 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC58Q4VC31 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC58Q4VC31 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC58Q4VC31 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC58Q4VC31 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC58Q4VC31 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC58Q4VC31 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC58Q4VC31 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC58Q4VC31 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC58Q4VC31 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC58Q4VC31 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC58Q4VC31 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC58Q4VC31 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC58Q4VC31 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC58Q4VC31 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC58Q4VC31 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC58Q4VC31 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC58Q4VC31 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC58Q4VC31 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC58Q4VC31 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC58Q4VC31 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC58Q4VC31 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC58Q4VC31 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC58Q4VC31 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC58Q4VC31 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC58Q4VC31 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC58Q4VC31 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC58Q4VC31 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC58Q4VC31 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC58Q4VC31 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC58Q4VC31 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC58Q4VC31 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC58Q4VC31 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC58Q4VC31 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC58Q4VC31 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC58Q4VC31 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC58Q4VC31 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC58Q4VC31 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC58Q4VC31 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CCDC58Q4VC31 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC58Q4VC31 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC58Q4VC31 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC58Q4VC31 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CCDC58Q4VC31 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.4 ms