Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.37■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC40.37■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC40.37■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC40.36■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC40.36■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.35■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.35■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.34■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.34■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.33■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC40.32■■■■■ 4.05
TCOF1Q13428 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.31■■■■■ 4.04
TCOF1Q13428 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC40.31■■■■■ 4.04
TCOF1Q13428 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC40.3■■■■■ 4.04
TCOF1Q13428 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.28■■■■■ 4.04
TCOF1Q13428 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC40.28■■■■■ 4.04
TCOF1Q13428 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC40.27■■■■■ 4.04
TCOF1Q13428 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC40.26■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC40.25■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC40.25■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.23■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.23■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC40.22■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.2■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.2■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.19■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC40.19■■■■■ 4.03
TCOF1Q13428 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC40.18■■■■■ 4.02
TCOF1Q13428 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC40.18■■■■■ 4.02
TCOF1Q13428 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC40.17■■■■■ 4.02
TCOF1Q13428 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC40.17■■■■■ 4.02
TCOF1Q13428 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.17■■■■■ 4.02
TCOF1Q13428 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC40.16■■■■■ 4.02
TCOF1Q13428 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.15■■■■■ 4.02
TCOF1Q13428 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC40.14■■■■■ 4.02
TCOF1Q13428 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC40.13■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC40.12■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC40.12■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC40.12■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC40.12■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.11■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.11■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC40.1■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.08■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC40.07■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC40.07■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC40.07■■■■■ 4.01
TCOF1Q13428 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC40.07■■■■■ 4
TCOF1Q13428 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC40.07■■■■■ 4
TCOF1Q13428 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC40.06■■■■■ 4
TCOF1Q13428 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC40.06■■■■■ 4
TCOF1Q13428 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC40.06■■■■■ 4
TCOF1Q13428 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.05■■■■■ 4
TCOF1Q13428 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.04■■■■■ 4
TCOF1Q13428 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.04■■■■■ 4
TCOF1Q13428 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.04■■■■■ 4
TCOF1Q13428 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC40.03■■■■■ 4
TCOF1Q13428 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC40.03■■■■■ 4
TCOF1Q13428 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC40.03■■■■■ 4
TCOF1Q13428 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.02■■■■■ 4
TCOF1Q13428 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.01■■■■■ 4
TCOF1Q13428 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC40.01■■■■■ 4
TCOF1Q13428 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.01■■■■■ 4
TCOF1Q13428 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC40■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC40■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC39.99■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.98■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.98■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC39.98■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.98■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC39.96■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC39.96■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC39.95■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC39.95■■■■□ 3.99
TCOF1Q13428 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.94■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC39.94■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC39.94■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.94■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC39.94■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.94■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC39.93■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC39.93■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.92■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.92■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.91■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC39.91■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.91■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC39.89■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC39.89■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.89■■■■□ 3.98
TCOF1Q13428 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC39.87■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC39.87■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.86■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC39.86■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC39.85■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
TCOF1Q13428 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC39.84■■■■□ 3.97
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