Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
HDAC4P56524 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
HDAC4P56524 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
HDAC4P56524 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
HDAC4P56524 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
HDAC4P56524 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
HDAC4P56524 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC27.43■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
HDAC4P56524 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC27.34■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
HDAC4P56524 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
HDAC4P56524 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HDAC4P56524 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HDAC4P56524 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HDAC4P56524 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HDAC4P56524 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
HDAC4P56524 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
HDAC4P56524 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
HDAC4P56524 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
HDAC4P56524 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
HDAC4P56524 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
HDAC4P56524 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
HDAC4P56524 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
HDAC4P56524 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
HDAC4P56524 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.5 ms