Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL9A1P20849 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL9A1P20849 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL9A1P20849 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
COL9A1P20849 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL9A1P20849 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL9A1P20849 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
COL9A1P20849 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC27.63■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
COL9A1P20849 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
COL9A1P20849 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL9A1P20849 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL9A1P20849 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
COL9A1P20849 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC27.56■■■□□ 2
COL9A1P20849 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COL9A1P20849 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC27.56■■■□□ 2
COL9A1P20849 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC27.56■■■□□ 2
COL9A1P20849 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC27.56■■■□□ 2
COL9A1P20849 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC27.56■■■□□ 2
COL9A1P20849 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC27.56■■■□□ 2
COL9A1P20849 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC27.56■■■□□ 2
COL9A1P20849 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC27.56■■■□□ 2
COL9A1P20849 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC27.56■■■□□ 2
COL9A1P20849 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
COL9A1P20849 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
COL9A1P20849 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
COL9A1P20849 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
COL9A1P20849 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL9A1P20849 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COL9A1P20849 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
COL9A1P20849 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL9A1P20849 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
COL9A1P20849 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COL9A1P20849 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
COL9A1P20849 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
COL9A1P20849 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
COL9A1P20849 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COL9A1P20849 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL9A1P20849 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
COL9A1P20849 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL9A1P20849 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL9A1P20849 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL9A1P20849 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL9A1P20849 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL9A1P20849 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL9A1P20849 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
COL9A1P20849 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44 ms