Protein–RNA interactions for Protein: P18887

XRCC1, DNA repair protein XRCC1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 633 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
XRCC1P18887 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC26.04■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
XRCC1P18887 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
XRCC1P18887 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
XRCC1P18887 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
XRCC1P18887 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
XRCC1P18887 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
XRCC1P18887 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
XRCC1P18887 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
XRCC1P18887 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
XRCC1P18887 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
XRCC1P18887 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
XRCC1P18887 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
XRCC1P18887 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
XRCC1P18887 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
XRCC1P18887 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
XRCC1P18887 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
XRCC1P18887 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
XRCC1P18887 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.93■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC25.91■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
XRCC1P18887 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.83■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
XRCC1P18887 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.77■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
XRCC1P18887 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms