Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
VPS39Q96JC1 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS39Q96JC1 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.7 ms