Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
CCDC112Q8NEF3 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 IMPDH1-208ENST00000470772 1888 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC112Q8NEF3 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 106.3 ms