Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC20.73■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 FAM109B-201ENST00000321753 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC20.72■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC20.72■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC20.7■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.91
IFT88Q13099 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 PDZD3-201ENST00000322712 2204 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC20.69■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
IFT88Q13099 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC20.69■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.7 ms