Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC87Q9NVE4 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 GGPS1-206ENST00000488594 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC87Q9NVE4 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms