Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
USP53Q70EK8 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
USP53Q70EK8 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP53Q70EK8 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP53Q70EK8 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP53Q70EK8 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP53Q70EK8 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP53Q70EK8 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC19.9■□□□□ 0.78
USP53Q70EK8 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
USP53Q70EK8 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
USP53Q70EK8 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.8 ms