Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
SCN1BQ07699 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 HOXB9-201ENST00000311177 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
SCN1BQ07699 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.7 ms