Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
HDAC4P56524 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDAC4P56524 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms