Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
HOXA1P49639 TRAPPC2L-201ENST00000301021 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXA1P49639 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.1 ms