Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 LZTS3-201ENST00000329152 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
CCDC39Q9UFE4 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 NHLRC1-201ENST00000340650 2248 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
CCDC39Q9UFE4 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms