Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 AL590094.1-202ENST00000634619 1131 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CHD9Q3L8U1 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 KCNIP3-205ENST00000468529 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 AC079598.2-202ENST00000546624 1451 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CHD9Q3L8U1 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms