Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 RARRES2P10-201ENST00000564312 460 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC27.48■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC27.45■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
COL18A1P39060 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 MIEF2-207ENST00000578621 540 ntTSL 4 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL18A1P39060 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms