Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL3A1P02461 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL3A1P02461 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms