Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
VPS28Q9UK41 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms