Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
HDAC4P56524 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HDAC4P56524 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms