Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 SLC39A13-212ENST00000531974 856 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A1P12109 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms