Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS54Q9P1Q0 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 NDUFAF3-202ENST00000326925 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS54Q9P1Q0 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms