Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 PRKY-204ENST00000533551 1019 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHD9Q3L8U1 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
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