Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AC120498.8-201ENST00000614275 531 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A1P12109 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A1P12109 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16 ms