Protein–RNA interactions for Protein: O14529

CUX2, Homeobox protein cut-like 2, humanhuman

Predictions only

Length 1,486 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX2O14529 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
CUX2O14529 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
CUX2O14529 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.89■■■■□ 3.34
CUX2O14529 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX2O14529 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX2O14529 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX2O14529 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX2O14529 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX2O14529 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX2O14529 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX2O14529 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX2O14529 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX2O14529 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX2O14529 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.88■■■■□ 3.33
CUX2O14529 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX2O14529 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX2O14529 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX2O14529 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX2O14529 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX2O14529 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX2O14529 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX2O14529 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX2O14529 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX2O14529 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX2O14529 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX2O14529 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
CUX2O14529 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX2O14529 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX2O14529 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX2O14529 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX2O14529 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX2O14529 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX2O14529 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX2O14529 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX2O14529 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX2O14529 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX2O14529 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX2O14529 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX2O14529 CIRBP-213ENST00000587323 1092 ntTSL 5 BASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX2O14529 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX2O14529 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC35.86■■■■□ 3.33
CUX2O14529 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
CUX2O14529 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
CUX2O14529 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
CUX2O14529 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
CUX2O14529 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
CUX2O14529 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC35.85■■■■□ 3.33
CUX2O14529 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
CUX2O14529 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC35.84■■■■□ 3.33
CUX2O14529 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC35.84■■■■□ 3.33
CUX2O14529 CHAC1-203ENST00000487220 853 ntTSL 3 BASIC35.84■■■■□ 3.33
CUX2O14529 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
CUX2O14529 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC35.84■■■■□ 3.33
CUX2O14529 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX2O14529 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX2O14529 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX2O14529 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX2O14529 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX2O14529 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX2O14529 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX2O14529 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX2O14529 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX2O14529 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX2O14529 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
CUX2O14529 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.33
CUX2O14529 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC35.82■■■■□ 3.32
CUX2O14529 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC35.82■■■■□ 3.32
CUX2O14529 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC35.82■■■■□ 3.32
CUX2O14529 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC35.82■■■■□ 3.32
CUX2O14529 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC35.82■■■■□ 3.32
CUX2O14529 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.32
CUX2O14529 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC35.81■■■■□ 3.32
CUX2O14529 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC35.81■■■■□ 3.32
CUX2O14529 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC35.81■■■■□ 3.32
CUX2O14529 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC35.81■■■■□ 3.32
CUX2O14529 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC35.81■■■■□ 3.32
CUX2O14529 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC35.81■■■■□ 3.32
CUX2O14529 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC35.81■■■■□ 3.32
CUX2O14529 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.81■■■■□ 3.32
CUX2O14529 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC35.81■■■■□ 3.32
CUX2O14529 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.81■■■■□ 3.32
CUX2O14529 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.81■■■■□ 3.32
CUX2O14529 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.8■■■■□ 3.32
CUX2O14529 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.8■■■■□ 3.32
CUX2O14529 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC35.8■■■■□ 3.32
CUX2O14529 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.8■■■■□ 3.32
CUX2O14529 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.8■■■■□ 3.32
CUX2O14529 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC35.8■■■■□ 3.32
CUX2O14529 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC35.8■■■■□ 3.32
CUX2O14529 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC35.8■■■■□ 3.32
CUX2O14529 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC35.8■■■■□ 3.32
CUX2O14529 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.79■■■■□ 3.32
CUX2O14529 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC35.79■■■■□ 3.32
CUX2O14529 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
CUX2O14529 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
CUX2O14529 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
CUX2O14529 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC35.79■■■■□ 3.32
CUX2O14529 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC35.79■■■■□ 3.32
CUX2O14529 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC35.79■■■■□ 3.32
CUX2O14529 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms